home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ HPAVC / HPAVC CD-ROM.iso / pc / TIERRA40.ZIP / DOC / PROBE.DOC < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1992-09-11  |  10.2 KB  |  263 lines
  1.  
  2.  
  3.                           TIERRA Genebank Probe            
  4.                             by Daniel Pirone
  5.  
  6.  
  7. PURPOSE:
  8.  
  9.    This document describes a software tool that aids in the analysis of the
  10. large amount of "genebank" data generated by the Tierra Artificial Life
  11. Simulation (1). "Probe" allows an automated filtering of genebank data 
  12. ( tierra creature data files ), by selection of 10 major gene descriptives 
  13. ( e.g. size ).  Probe is an excellent companion tool to Beagle, a graphical
  14. analysis tool, also bundled with the MSDOS version of Tierra.
  15.  
  16. THE INTERFACE:
  17.  
  18.    The Probe user interface is a simple menu driven system. All of the
  19. menu options are Case Sensitive (Turn Caps Lock Off).  
  20. In most cases:
  21.    - if you wish to leave a value unchanged, press <Enter> when prompted for
  22.      a new value. 
  23.    - all numeric parameters ( options 1 - 8 ) can have the wildcard value -1,
  24.      (negative one), meaning "don't care", which will match any value.
  25.    - pressing escape <ESC> , will take you to the previous interface level,
  26.      and will Exit the program if done from the main menu.
  27.  
  28. The main interface looks like the following:
  29.  
  30.  
  31. > TIERRA Genebank Probe            by Daniel Pirone
  32. > 
  33. > 1 - Size                                     (-1)
  34. > 2 - Label                                    ( -1)
  35. > 3 - MaxPropPop  threshold [0-100]%           (-1) 
  36. > 4 - MaxPropInst threshold [0-100]%           (-1) 
  37. > 5 - Begin Time of MaxPropPop threshold cross (-1,-1)
  38. > 6 - End   Time of MaxPropPop threshold cross (-1,-1)
  39. > 7 - Begin Time of Origin                     (-1,-1) 
  40. > 8 - End   Time of Origin                     (-1,-1) 
  41. > 9 - Watch Bit String [0,1,?] (????????????????????????????????) 
  42. >     Watch Bit String (EXsdofh TCsdofh TPsdofh MFsdofh MTsdofh MBsdofh ) 
  43. > f - Toggle file type                         (gen)
  44. > i - Genebank Input directory                 (gb/)
  45. > o - Match    Output directory                (td/)
  46. > m - Opcode - Instruction Map file            (opcode.map)
  47. > v - Set Gene Output viewer                   (vi)
  48. > G - Begin Probe
  49. > 
  50. > 
  51. > PROBE | (1-9) = edit param, 0 = init params, G=go <ESC> = quit      -> 
  52. > 
  53.  
  54. At this point you may enter a digit 1-9 to edit the corresponding parameter,
  55. or 0 to set them to their initial don't care values. Additionally, you
  56. can specify:
  57.    - select permanent or temporary gene files,
  58.    - an input path & directory for genebank data, 
  59.    - an output path & directory for ascii format gene data, 
  60.    - your favorite text viewing executable, 
  61.  
  62. All of these options are detailed below.
  63.  
  64. Gene Size:
  65.  
  66. > PROBE | (1-9) = edit param, 0 = init params, G=go <ESC> = quit      -> 1
  67. > Enter Size [-1 = don't care] -> 
  68.  
  69.    Parameter 1 allows you to select for a specific size of gene.
  70.  
  71. Gene Label:
  72.  
  73. > PROBE | (1-9) = edit param, 0 = init params, G=go <ESC> = quit      -> 2
  74. > Enter Label [-1 = don't care, aaa-zzz] -> 
  75.  
  76.    Parameter 2 allows you to select for a specific gene sequence.
  77.  In combination with the size parameter, you can easily extract
  78.  and genome of your choice.
  79.  
  80. MaxPropPop  &  MaxPropInst:
  81.  
  82. > PROBE | (1-9) = edit param, 0 = init params, G=go <ESC> = quit      -> 3
  83. > Enter threshold [-1 = don't care, 0-100]% -> 
  84.  
  85.    Parameters 3 and 4 allow you to select a percent threshold for the
  86.  maximum proportion of the population (MPP) and/or max. proportion of
  87.  instructions ( bytes of "soup" ) that a gene has attained.
  88.  A gene will be selected if its MPP/MPI was greater than or equal to the 
  89.  percentage you enter.  Reasonable values for MPP are 5 - 30, for normally
  90.  diverse runs. Values higher than 30 % usually indicate a "mutual exclusion" 
  91.  scenario.  In combination with with the MPP time window, you can easily find
  92.  a dominant genome of your choice.
  93.  
  94. MaxPropPop Time Window & Gene Origin Time Window:
  95.  
  96. > PROBE | (1-9) = edit param, 0 = init params, G=go <ESC> = quit      -> 5
  97. > Enter millions , insts [-1 = don't care]  -> 
  98.  
  99.    These two part parameters allow you to specify a temporal window
  100.  in which to look for a MPP threshold ( param 3 ) crossing, or
  101.  the Origin of a gene. For both the Begin and End time specifications,
  102.  your input can take the form:
  103.    m    
  104.  or
  105.    m,i
  106.  Where m is a -1 for don't care, or a non-negative integer representing
  107.  a number of millions of Tierrian instructions executed, and i is the
  108.  remainder of instructions executed.  If only a single number is entered,
  109.  it is assumed to be the millions part.
  110.  
  111. Watch Bits String:
  112.  
  113. > PROBE | (1-9) = edit param, 0 = init params, G=go <ESC> = quit      -> 9
  114.  
  115.    This complex parameter allows you to look for a specific behavioral trait
  116.  (eg: writing on its own memory, using someone elses template)
  117.  For each of the following 30 parameters, you may :
  118.    - press <Enter> to leave the value as it is,
  119.    - enter a 1/0 to look for the presence of this trait,
  120.    - enter a ? for don't care
  121.    - press <ESC> to return to the main menu, leaving the rest of the 30
  122.      Watch Bits as they were.
  123.  
  124.  The Watch bits are:
  125.  
  126.  Bit  2 EXs = executes own instructions (self)
  127.  Bit  3 EXd = executes daughter's instructions
  128.  Bit  4 EXo = executes other cell's instructions
  129.  Bit  5 EXf = executes instructions in free memory
  130.  Bit  6 EXh = own instructions are executed by other creature (host)
  131.  Bit  7 TCs = matches template complement of self
  132.  Bit  8 TCd = matches template complement of daughter
  133.  Bit  9 TCo = matches template complement of other
  134.  Bit 10 TCf = matches template complement of free memory
  135.  Bit 11 TCh = own template complement is matched by other creature (host)
  136.  Bit 12 TPs = uses template pattern of self
  137.  Bit 13 TPd = uses template pattern of daughter
  138.  Bit 14 TPo = uses template pattern of other
  139.  Bit 15 TPf = uses template pattern of free memory
  140.  Bit 16 TPh = own template pattern is used by other creature (host)
  141.  Bit 17 MFs = moves instruction from self
  142.  Bit 18 MFd = moves instruction from daughter
  143.  Bit 19 MFo = moves instruction from other cell
  144.  Bit 20 MFf = moves instruction from free memory
  145.  Bit 21 MFh = own instructions are moved by other creature (host)
  146.  Bit 22 MTs = moves instruction to self
  147.  Bit 23 MTd = moves instruction to daughter
  148.  Bit 24 MTo = moves instruction to other cell
  149.  Bit 25 MTf = moves instruction to free memory
  150.  Bit 26 MTh = is written on by another creature (host)
  151.  Bit 27 MBs = executing other creatures code, moves inst from self
  152.  Bit 28 MBd = executing other creatures code, moves inst from daughter
  153.  Bit 29 MBo = executing other creatures code, moves inst from other cell
  154.  Bit 30 MBf = executing other creatures code, moves inst from free memory
  155.  Bit 31 MBh = other creature uses another cpu to move your instructions
  156.  
  157.  For a more detailed description of the Watch Bits, see the Tierra Users Guide 
  158.  (and/or the source code!).
  159.  
  160. Gene File Type:
  161.  
  162. > PROBE | (1-9) = edit param, 0 = init params, G=go <ESC> = quit      -> f
  163.  
  164.    The f option allows you to choose to scan permanent genes (.gen files),
  165.  or temporary genes (.tmp files) generated as Tierra shut down.  Temporary
  166.  gene files generally contain "less fit" genes.
  167.  
  168. GENE OUTPUT VIEWER:
  169.  
  170. > PROBE | (1-9) = edit param, 0 = init params, G=go <ESC> = quit      -> v
  171.  
  172.    The v option allows you to choose a path and executable file
  173.  ( and limited command line options ) used to view the ascii format of 
  174.  the selected genes.  These gene files are written to the Output 
  175.  directory ( 'o' option ).  In Unix, you might use more, less, vi, cat ...
  176.  In MSDOS, the default 'more <' is ok, but something more like the
  177.  EDIT program that comes with DOS 5.x is better.  The syntax of the
  178.  system shell call is roughly:
  179.  
  180.    path/viewer.exe options  output_path/gene
  181.    ----- v option --------  -- o ------ - found file ( eg 0080aaa )
  182.  If no path is specified, the executable must be in you path.
  183.  
  184. PROBING THE GENEBANK:
  185.  
  186. > PROBE | (1-9) = edit param, 0 = init params, G=go <ESC> = quit      -> G
  187.  
  188.    Once you have entered all the parameters you care to specify, entering
  189.  a capitol G will initiate the search.  The first thing Probe will do
  190.  is read in the opcode mapping file you have specified with the 'm' 
  191.  parameter.  The file is assumed to be in the same directory as the Genebank
  192.  input files, ( the 'i' parameter ).  This is used to decode the numeric 
  193.  instructions to a human digestible from.  The default ( opcode.map ) is
  194.  usually fine, but Please take care that if you use a different mapping,
  195.  that you specify it! 
  196.  
  197.    After pressing the G, you can stop the search with your break key
  198.  <Control-C>, (or <ESC> in MSDOS ).  When the search starts you will see:
  199.  
  200. > BEGIN Probing Genebank
  201. >
  202. > scanning archive  |gb//0080.gen|
  203.  
  204.  The filename should flash as Probe looks through the files.
  205.  If Probe finds a genome that matches your parameter settings:
  206.  
  207. >     0080aaa
  208. > Enter y to show , ESC to break out, any other key to continue ->
  209.  
  210.  At this point you may enter a 'y' to use the viewer ( 'v' option )
  211.  to look at an ascii format of the gene that has been written to the
  212.  Output directory ( 'o' option ).  Pressing <ESC> will take you back to the
  213.  main menu, and any other key will continue the search.
  214.  
  215. > Enter y to show , ESC to break out, any other key to continue ->y
  216.  
  217. > format: 2  bits: 45750471  EXsh    TCsh    TPs     MFsofh  MTdf    MB      
  218. > genotype: 0080aaa  parent genotype: 6666god
  219. > 1st_daughter:  flags: 0  inst: 827  mov_daught: 80          breed_true: 1
  220. > 2nd_daughter:  flags: 0  inst: 809  mov_daught: 80          breed_true: 1
  221. > Origin: InstExe: 0,0  clock: 0  Wed Dec 31 17:00:00 1969
  222. > MaxPropPop: 0.8306  MaxPropInst: 0.4239 mpp_time: 0,0 
  223. > ploidy: 1  track: 0
  224. > 
  225. > track 0: prot
  226. >           xwr
  227. > nop_1   ; 010 110 01   0
  228. > nop_1   ; 010 110 01   1
  229. > nop_1   ; 010 110 01   2
  230. > nop_1   ; 010 110 01   3
  231. > zero    ; 010 110 04   4
  232. > or1     ; 010 110 02   5
  233. > shl     ; 010 110 03   6
  234. > shl     ; 010 110 03   7
  235. > mov_cd  ; 010 110 18   8
  236. > 
  237. > ...
  238. > 
  239. > ret     ; 010 110 17  74
  240. > nop_1   ; 010 100 01  75
  241. > nop_1   ; 010 100 01  76
  242. > nop_1   ; 010 100 01  77
  243. > nop_0   ; 010 100 00  78
  244. > if_cz   ; 010 000 05  79
  245. > 
  246.  
  247. > END   Probing Genebank
  248.  
  249. > Enter to continue 
  250.  
  251.    Please send bug reports to : tierra-bug@life.slhs.udel.edu
  252.  
  253. -----------------------------------------------------------------------------
  254.  
  255. (1) Tierra is available by anonymous ftp from:
  256.  
  257. tierra.slhs.udel.edu ( 128.175.41.33 )
  258.  
  259. or on disk by mail from Virtual Life, P.O. Box 625, Newark, DE 19715.
  260. Make check for $65 payable to Virtual Life, and specify 3.5" or 5.25" disks.
  261.  
  262. -----------------------------------------------------------------------------
  263.